O governo Lula não está nem na metade de seu mandato, e a Polícia Federal sob a gestão petista já acumula problemas com a Polícia Rodoviária Federal (PRF), o GSI (Gabinete de Segurança Institucional), o Exército, a Abin (Agência Brasileira de Inteligência) e a promotoria do Rio de Janeiro. De acordo com informações da Folha de S.Paulo, entre as motivações para os atritos entre a Polícia Federal e as demais entidades estão investigações de integrantes dos órgãos, aumento de poder, funções consideradas mais importantes e outros.
Atualmente, a Polícia Federal é chefiada pelo delegado Andrei Rodrigues, que cuidou da escolta de Lula durante as eleições de 2022. Rodrigues já é conhecido antigo do Partido dos Trabalhadores (PT), pois ocupou cargos no governo de Dilma Rousseff e é considerado pessoa de confiança de Lula.
No caso do GSI, a desavença ocorre devido à disputa pela segurança pessoal do presidente e da primeira-dama, Rosângela Lula da Silva, a Janja. Isso porque no primeiro semestre, a incumbência foi passada via decreto para a PF. Após o fim do prazo, a corporação tentou prolongar a medida, no entanto, a proteção presidencial retornou a ser uma atribuição do GSI, chefiado pelo general Marcos Antonio Amaro.
Na Abin, as rusgas se devem ao relatório da PF acusando a agência de ter sido utilizada para espionar rivais políticos durante a gestão Bolsonaro (PL). O caso chegou a resultar na demissão do diretor-adjunto da agência, Alessandro Moretti, em janeiro deste ano.
Em relação ao Exército, as hostilidades ocorrem devido às investigações envolvendo um suposto golpe de Estado que teria sido confabulado pelo ex-presidente Jair Bolsonaro (PL) com aliados de alta patente nas Forças Armadas, segundo suspeitas da PF.
Na PRF, os conflitos têm raiz no indiciamento de 23 policiais rodoviários federais em razão de uma operação conjunta que culminou na morte de 26 suspeitos em Varginha, Minas Gerais. A PF fez críticas ao trabalho do órgão, e defendeu em relatório que a corporação não possui atribuição para conduzir as apurações. Em 2019, contudo, o até então ministro da Justiça Sergio Moro assinou uma portaria ampliando a atuação da PRF. Atualmente, a cúpula dos policiais federais defende que a norma seja revogada.
No Rio de Janeiro, as discórdias ganharam força após o ex-ministro da Justiça, Flávio Dino, chamar os órgãos de investigação do estado de “ecossistema criminoso”, segundo um relatório da PF. Ainda de acordo com a Folha, a disputa pelo protagonismo do combate às facções criminosas também é motivo que acentua a rivalidade.